Une partie des menus et/ou des options proposés par ces menus est réservée, par priorité au gestionnaire du projet, puis à un groupe particulier d'utilisateurs, enfin aux personnes disposant d'un compte sur le serveur. Les niveaux d'autorisation sont nécessairement du ressort du gestionnaire du projet. Il convient en particulier de faire preuve d'un minimum de maîtrise du système d'exploitation UNIX, d'une information suffisante sur le modèle AROPAj, et plus généralement d'une certaine maîtrise de l'informatique, pour l'utiliser sans dommage pour le modèle lui-même ... et les autres utilisateurs du serveur!