La séquence de base des commandes SCICONIC est constituée du fichier '../pl/so/infscic'. Elle est modifiée selon les paramètres de la commande UNIX (cf §2.3.4) qui fait appel à cette séquence. Elle est modifiée par l'existence préalable d'un fichier de stockage de la BASE PL, qui permet d'accélerer la résolution du PL lorsqu'une BASE PL a été créée pour un jeu de valeurs des paramètres concernant ce PL. Elle est enfin modifiée par l'existence de variables binaires, avec l'appel à la séquence de commandes SCICONIC '../pl/so/agdscic' le cas échéant (appel à l'option de résolution "GLOBAL").