La phase de calibrage nécessite différents types de fichiers de données tels que les fichiers de paramètres de calibrage, ainsi que les fichiers définissant les ensembles de variation (bornes, pas) et d'autres paramètres propres aux algorithmes mis en oeuvre. Outre les fichiers mobilisés dans toute phase d'exploitation du modèle AROPAJ (le calibrage n'en constituant qu'un cas particulier, voir aussi Chapitre §6), d'autres fichiers jouent un role important (voir les fichiers suffixés par 'don', 'par', 'var' ou 'GR' en Chapitre §5).
Par ailleurs, les fichiers de données externes aroN$k.dat sont modifiés à partir du fichier aroN.dat. Enfin, pour l'ensemble des groupes, des exécutables sont conçus et utilisés en appoint aux exécutables du moteur de base. En particulier, on fait appel aux programmes d'expertise et aux programmes d'optimisation de calibrage (voir Chapitre §5).