Le noyau "aropaj" est appelé par la commande 'alpaj'. Il comporte trois options principales (après la reconnaissance du type de terminal), que sont successivement la génération MGG de programmes et de matrices, l'optimisation en programmation linéaire (agenda SCICONIC), et le module propre AROPAJ. Dans sa dernière version, on peut appeler ce dernier directement par la commande 'Aaropa2.csh'. Ce module permet d'accéder au groupe de calibrage en effectuant les opérations informatiquesn directement dans le répertoire de groupe. Mais il convient d'être attentif aux disponibilités du serveur à partir duquel les opérations sont demandées. Ainsi, l'appel à la gestion ordonnée du calibrage suppose que l'état des disques mobilisés par le serveur soit parfaitement connu (en particulier en terme d'espace disponible). Le shell "AROPAj" permet par ailleurs d'accéder à toutes les opérations de simulation et d'exploitation du modèle. Seuls les traitements graphiques ne sont pas encore intégrés au dispositif. Il en est de même des traitements des tableaux. Cependant, des groupements de commandes ont déjà été construits et devraient progressivement être intégrés à l'ensemble.
Le groupe d'estimation et d'extraction peut être appelé par la commande 'extract.csh', par les ayant-droits. La séparation qui le distingue du reste pourrait être éliminée dans la mesure où la préservation du secret statistique concernant certains types de données est garantie. On notera que les programmes d'estimation doivent être téléportés lorsque les conditions d'accès aux données l'exigent.
L'appel au calibrage peut être dorénavant (depuis juin 1999) opéré via la commande générale 'alpaj' ou géré directement par la commande 'Borggen.csh'. Elle permet le lancement et le suivi des opérations de calibrage (y compris à partir d'un terminal MINITEL, même si la qualité opérationnelle s'en trouve dévaluée). Ces opérations sont réservées à l'administrateur du projet AROPAj.