Les programmes FORTRAN sont écrits en fortran 77. Les options de compilation doivent être compatibles avec ce qu'autorisent le serveur et son système d'exploitation. Différents types de programmes ou de segments de programmes sont nécessaires au fonctionnement de l'ensemble. On distinguera ces programmes par leur niveau d'ancrage par rapport au noyau, par la modulation à disposition de l'utilisateur, et par la transparence de la compilation.
Certains programmes sont étroitement liés aux groupements de commande qui les appellent. Dans ce cas, la compilation peut être exogène (effectuée séparément, comme c'est le cas avec les programmes d'extraction des valeurs des paramètres après la phase d'estimation) ou, le plus souvent, endogène et transparente à l'utilisateur. Dans et autour du noyau, beaucoup de programmes sont élaborés de façon très imbriquée. Ainsi, le programme 'intern.f' du noyau est découpé en séquences qui peuvent être appelées par les programmes d'expertise du calibrage. Il s'agit en fait d'anticiper les effets des modifications d'un programme sur les programmes aval, sans qu'il soit nécessaire de tous les réécrire.
Les seules séquences FORTRAN qu'un utilisateur autre que l'administrateur du projet ait à modifier sont inscrites sur les fichiers modulables de type '*.f' dans l'exploitation à la carte du modèle (voir la section §6.3.4). Un exemple type est un programme de balayage sur un ou plusieurs paramètres, l'édition de rapport fournissant la valeur des variables PL à l'optimum pour tout jeu de valeurs des paramètres de balayage. On notera que la compilation est inscrite dans le groupement de commande, et parfaitement transparente à l'utilisateur pour peu que celui-ci ait respecté les contraintes propres aux déclarations de variables. Toute erreur de compilation (et d'exécution) est signalée sur les fichiers trace des opérations.