Cette phase requiert le fichier de paramètres 'mgg.par' et le fichier de paramètres externes que nous appellerons 'xxx.dat'. Ce dernier doit comporter les indications retenues pour les indices utilisés dans le programme du noyau 'aro.mgg'. Lancé par la commande <mggpl.csh 0 xxx>, le processus de génération de matrice produit les fichiers intermédiaires <kcomm.d mgop.l> et la matrice elle-même sous le nom 'aroxxx.pl' composé des noms génériques du programme MGG et du fichier de paramètres externes. Cette matrice est écrite sous le FORMAT standard de type MPS.
On notera qu'il est possible de réaliser les deux étapes à partir du seul appel de la commande <mggpl.csh aro xxx intern>.