La notion de modulation est fonction de la qualité de l'utilisateur, selon qu'il est administrateur ou simple utilisateur. Pour le premier, la notion est étroitement liée à la proximité entre le fichier concerné et le noyau. Pour le second, cette notion est évidemment liée à l'accessibilité (en écriture) aux fichiers. Par ailleurs, il y a des fichiers modulables automatiquement. Ainsi, le fichier 'aroN.dat' des données dites externes dans la programmation GMP, fichier qui est indexé de fait sur les indices de groupe et de sous-groupe, est modifié implicitement par le groupe d'appel. Les fichiers indexés de ce type ne doivent pas être modifiés par l'utilisateur. Un certain nombre de fichiers sont modelés par l'utilisateur selon ses besoins, mais les modifications sont guidées par les menus proposés, et, de nouveau, il est préférable d'éviter toute modification directe (i.e. par éditeur de texte).
Les seuls fichiers dont les modifications sont attendues de l'utilisateur sont les séquences FORTRAN évoquées en §1.2.4.4.2 Il s'agit des compléments des programmes d'exploitation et d'édition de rapport, manifestement liés aux besoins spécifiques de l'utilisateur. Ces modifications impliquent alors éventuellement les fichiers de paramètres de simulation ('*.par'), les fichiers de sélection de variables PL ('*.var') et graphiques ('*.gar'). La section §6.3 détaille ces différents aspects.