Outre les fichiers "trace", systématiquement proposés pour toutes les opérations induites par l'appel des trois groupes principaux de commande (voir §1.2.4.4.1), et généralement préfixés par 'sortie.sortie', les principaux fichiers intermédiaires sont engendrés par le noyau.
Certains fichiers intermédiaires peuvent être repris pour donner corps à d'autres opérations (i.e. les fichiers de matrice PL suffixés par '.pl', qui sont construits par le générateur de matrices, sont évidemment nécessaires à la programmation linéaire elle-même; ces fichiers permettent également d'accéder aux programmes linéaires en "ligne" - écriture par contrainte - pour vérification).