Plus l'utilisateur souhaite utiliser les possibilités offertes par le shell AROPAj et développer ses propres applications, plus les risque d'erreur sont évidemment multipliés. Ce risque est important lors du développement des séquences FORTRAN requises à certaines étapes du shell. Le principe de "clonage" doit être appliqué, consistant à calquer les séquences FORTRAN créées sur les séquences types implicitement proposées par l'appel du shell ou proposées option. Ce principe doit jouer égelement pour les autres types de fichier.